Japanse filtermatten zijn een bekende onder de biologische filtermaterialen. Ze zijn stevig, en simpel te onderhouden. Japanse filtermatten worden heel vaak net na de laatste mechanische filtering geplaatst en voorzien van tussenstrippen om dichtslippen te voorkomen. Hun weefselstructuur is perfect voor zowel het huisvesten van voldoende bacteriën als het garanderen van een goede doorstroming van water. Ze zuiveren het water van het nog kleinere organische vuil. Deze biologische filtermaterialen hebben niet enkel tot doel een laatste stap te zijn in het zuiveren van water door het tegenhouden van de nog kleinere vuildeeltjes die de mechanische filtering niet kon tegenhouden maar zullen ook de huisvesting zijn van een hoop nuttige bacteriën, die nodig zijn voor het omzetten van (schadelijke) afvalstoffen naar eind en restproducten die niet en/of minder schadelijk zijn en een bron van voeding vormen. Bij een goed gebouwde filter zullen voorfilter en mechanische filtering het biologische filterdeel zoveel mogelijk ontlasten van zoveel mogelijk organisch vuil zodat de bacteriekolonie in een zuurstofrijke omgeving kan uitgroeien en het nuttige afbraakwerk van afvalstoffen kan volmaken. In principe maakt men de biologische filtermaterialen bijna nooit schoon, zodat de bacteriegroep op peil blijft. Maar al te vaak wordt hier de zonde begaan om ook de biologische filtermaterialen telkens mee schoon te maken wanneer men voorfilter en of mechanische filtermaterialen gaat reinigen. Dit is onzin. Wanneer blijkt dat met de loop der tijd toch veel organisch vuil de biologische filtermaterialen belasten is het beter meerdere gedeeltes voorzichtig te reinigen. Waarna men tevens de vijver ook gedeeltelijk ververst na afloop.
